中心在同济大学实验室与设备管理处的统一部署下，注重规章制度的建设，规范管理，以制度约束人。目前中心执行的系列管理规章制度主要包括：

同济大学实验室工作暂行办法

同济大学实验室建立、调整和撤销管理规定

同济大学实验室基本信息收集管理规定

同济大学实验队伍管理暂行规定

同济大学教学实验室用房使用管理规定

同济大学教学实验项目管理暂行规定

同济大学本科实验教学实施管理暂行规定

同济大学综合性、设计性实验管理规定

同济大学实验室开放管理暂行规定

同济大学实验教学改革项目管理规定

同济大学实验室安全工作规定

同济大学仪器设备管理实施细则

同济大学闲置、多余仪器设备管理细则

同济大学仪器设备报废处理办法

同济大学设备、器材损坏、丢失赔偿处理暂行办法

同济大学教学设备维修的申请、分配和使用管理办法

同济大学实验设施、设备的保养和维修的管理规定

同济大学实验室仪器设备维修管理实施细则

同济大学计算机软件管理办法

同济大学低值品管理办法

同济大学实验技术成果奖奖励办法

同济大学“优秀实验人员个人奖”评奖办法

同济大学土木工程虚拟仿真实验教学中心管理系列规章制度 ：

安全卫生制度

预防突发事件应急处置预案

岗位责任制度

学生实验守则

仪器设备维护制度

CAI实验室计算机维护制度

仪器设备损坏丢失赔偿制度