科学研究平台、校企合作平台、虚拟技术平台是同济大学土木工程虚拟仿真实验教学中心的三大支撑。因此，中心十分关注与科研院所、工程设计、工程建造、行业协会、相关高科技企业展开广泛的校企合作，以整合虚拟技术、共享实验资源、协同实验师资、共同提升虚拟实验质量。
与企业紧密合作、与工程实践紧密结合是同济大学土木工程学科的一大特色、亦是其享誉海内外的一个重要原因。每年学院承担的企业委托科研项目经费达1.3亿元，并与中国建筑工程总公司等70余家单位签订了生产实习基地、人才培养基地、人才培养与产学研合作基地等三个层次的合作基地，其中土木工程学院与中国建筑科学研究院、上海现代建筑设计集团有限公司、上海建工集团有限公司共建了三个国家级工程实践中心，与上海现代建筑设计集团有限公司共建了上海市研究生专业实践示范基地。校企合作基地、合作研究成果不仅为虚拟仿真实验教学中心提供了工程背景、工程依托，而且借助企业的工程技术和硬件优势，为教学中心的虚拟仿真软件环境的可靠性提供校验，以获得稳定可信的实验结果。例如，中心与上海建工集团有限公司依托632米上海中心BIM项目进行本科毕业设计，联合进行超高层建筑虚拟建造与虚拟工程管理；中心与国际顶级紧固件企业喜利得(中国)有限公司合作，由企业提供实验装备和场地，进行后锚固实验实施和虚拟实训，每年约有60位学生参与。在岩土工程虚拟实验教学方面，中心结合重大工程建设，在多家企业的重大工程建设项目资助下，开发了“厦门翔安海底隧道数字化工程应用研究”、“广州龙头山四车道特大断面隧道数字化技术研究”、“煤矿基于三维数字地层的采掘工程动态信息系统研制及应用”、“电力隧道施工控制及运营维护管理与数字化技术研究”、“上海地铁一号线结构与病害数字化系统研究与开发”、“常州市工程地质数据库智能系统”、“上海中心深基坑数字化”等合作成果，并将其成功应用于土木工程虚拟仿真实验教学项目中，受到同学的极大欢迎。